O Museu Padre José Carvalhaes está instalado no 2º andar do edifício central do Instituto Nun’Alvres. É um projeto do arquiteto Humberto Coelho datado de 2006, e a adaptação de um espaço existente para uma área museológica destinada a albergar um espólio de peças com funções diversas, acumuladas ao longo da vida do colégio, nomeadamente após a sua fixação definitiva nas Caldas da Saúde. Cada uma das peças retrata o tipo de educação ministrada, quer ao nível das atividades de caráter desportivo, científico, lúdico, religioso, entre outras.
Aqui encontramos um percurso constituído por seções com temáticas diferentes, embora não isoladas totalmente, mas que possibilitam uma leitura relativamente agradável dos aspetos mais relevantes da história do colégio desde a sua fundação, na Bélgica em 1912, até aos nossos dias.
O percurso pelo espaço é feito em círculo e em sentido contrário ao dos ponteiros do relógio.

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Aqui encontramos referências a:
• Nuno Álvares Pereira
• Reconstituição de um espaço de sala de aula
• Prémios – Ordem Militar de Nun’Alvres
• Banda/Instrumentos musicais
• Arte sacra
• Prémio P. Luisier
• Estação meteorológica
• Revista “O Nosso Colégio”
• Cinema
• Posto emissor
• Desporto
• Teatro
• O colégio hoje

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